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 干細胞是一種嗜堿性獨核細胞，其大小約為8μm，呈圓形，胞核為圓形或腎形，胞核較大，具有2個核仁，染色質細質而分散，胞漿呈淺藍色不帶顆粒，在形態上與小淋巴細胞極其相似，但淋巴細胞體積較小，染色質濃染，核仁不明顯且有細胞器。因此很難用形態學識別干細胞，并與其它獨核細胞相區別。

造血干細胞可包括三級分化水平，即多能干細胞（pleuripotent　stemcell），定向干細胞（Committedstem　cell）及其成熟的子代細胞。

關于對造血干細胞的功能分析，長期以來僅限于對小鼠干細胞的研究，而對人干細胞的存在只是來自間接證據，因為不能在人體內進行如鼠體內的功能分析法。由于建立了新的體外細胞培養技術，大大促進了對人干細胞的直接研究。